ゲームを始めると、最初に主人公の性別を選びます。男の子を選んだ場合の初期名は「ユウキ」、女の子を選んだ場合は「ハルカ」ですが、名前は自由に変更できます。

家に着いたら、まず2階の置き時計を調べて時間を合わせましょう。

自室のパソコンを調べると、「キズぐすり」を1つ入手できます。

家を出たら、隣にあるオダマキ博士の家にも寄ります。2階には研究用のモンスターボールが置かれており、調べるとライバルとの会話イベントが始まります。

ライバルとの会話が終わったら、ミシロタウン北側の出口から101番どうろへ向かいます。少し北へ進むと、野生ポケモンに襲われているオダマキ博士のイベントが始まります。博士を助けるため、近くに落ちている博士のカバンを調べて、中のポケモンで応戦することになります。

パートナーを選ぶと、そのまま野生のジグザグマ（ルビー・サファイア版はポチエナ）との戦闘になります。操作方法を覚えるためのチュートリアル戦で、相手も弱いので、「たたかう」を選んで攻撃するだけで問題なく勝てます。

主人公とライバルが暮らす、物語のスタート地点となる小さな町です。ポケモンセンターやお店はまだありませんが、主人公の家・ライバルの家・オダマキ博士の家（研究所）が並んでいます。主人公の家とライバルの家は性別で固定で、向かって左の家が男の子主人公、右の家が女の子主人公の家になります。

主人公たちの町から一番近い、施設が揃った町です。ポケモンセンターで回復ができるほか、フレンドリィショップで道具を買うこともできます（※モンスターボールは、ライバル戦を終えて受け取るまで購入できません）。

コトキタウンの西側（トウカシティ方面＝102番どうろ）は、謎の足跡をスケッチしている青年がいて、今はまだ通れません。北の103番どうろへ進み、先に行っているライバルに会いに行きましょう。

103番どうろの奥で、ライバル（ユウキ／ハルカ）との最初のバトルになります。この戦いは勝っても負けてもストーリーは進みますが、勝った方が経験値がもらえてお得です。基本は「たたかう」で攻撃するだけで大丈夫ですが、HPがピンチになったら、道中でゲットした「キズぐすり」を使って回復しましょう。

ライバル戦が終わったら、ミシロタウンのオダマキ研究所に戻ります。博士から「ポケモン図鑑」を、続けてライバルから「モンスターボール」を5個受け取れます。

自宅前にいるお母さんに話しかけると、「ランニングシューズ」をもらえます。Bボタンを押しながら移動するとダッシュできるようになります。

モンスターボールを手に入れたら、101番どうろで野生のジグザグマを1匹捕まえておくのがおすすめです。

コトキタウンの西側から102番どうろを通り、トウカシティへ向かいます。道中のトレーナーと戦いながら、最初のパートナーポケモンのレベルを上げていきましょう。

右上のほうにきのみがなっているので、拾っておくのがおすすめです。きのみは土に植えると、時間経過で成長して2つになります。

トウカジムへ入ると、ジムリーダーである父・センリと会話になります。そこへ、病弱な少年ミツルが現れ、初めてのポケモン捕獲に挑戦したいと言い出します。センリに頼まれ、ミツルのラルトス捕獲をサポートすることになります。ここで、ポケモンの捕まえ方を学べます。

ラルトス捕獲イベントが終わったら、父からアドバイスをもらい、104番どうろを通ってトウカの森へ進みましょう。

森の中では、デボン社の社員が怪しい男に絡まれています。助けに入ると、そのままチームのしたっぱとの戦闘になります。

トウカの森の出口にいる男性から、わざマシン09「タネマシンガン」がもらえます。

出口にある「フラワーショップ サン・トウカ」で店員に話しかけると、「ホエルコじょうろ」と「クラボのみ」をもらえます。

水辺の上にいるおばあさんからは、「カゴのみ」がもらえます。そのまま道沿いを北へ進み、カナズミシティを目指しましょう。

「いあいぎりオヤジのいえ」で、ひでんマシン01「いあいぎり」を入手します。ジグザグマなど、序盤から手持ちにいるポケモンに覚えさせておきましょう。

「ポケモン トレーナーズ スクール」に入ると、「せんせいのツメ」がもらえます。

ジムの中には、ツツジの前に3人のジムトレーナーが立ちふさがります。

※画像はエメラルド版です。ルビー・サファイアではダブルバトルになりません。

ストーンバッジを手に入れました。次の章では、デボンの荷物を取り返すところから旅が続きます。