カナズミジムを撃破して外に出ると、デボンコーポレーションの社員が怪しい男に襲われ、大事な荷物を奪われるイベントが発生します。

犯人は116番どうろの奥にある「カナシダトンネル」方面へ逃げ込んだため、追いかけて取り戻すことになります。

116番どうろには多くのトレーナーや野生のポケモンが生息しています。トンネルの手前にいるハギ老人から、愛鳥のキャモメ「ピーコちゃん」も一緒に連れ去られたことを聞かされます。

トンネル内部に入ると、奥でしたっぱがピーコちゃんを盾に威嚇してきます。話しかけるとそのまま戦闘になるため、しっかり手持ちを回復してから挑みましょう。

勝利すると「デボンのにもつ」を取り戻し、ピーコちゃんも無事にハギ老人の元へ帰っていきます。

デボン社員に荷物を返すと、お礼としてスーパーボールをいただき、デボンコーポレーションの社長室へ案内されます。社長のツワブキから、さらなる頼み事として「ダイゴへのてがみ」と「クスノキへのおとどけもの」を託されます。

依頼を引き受けると、ホウエン地方の広域マップやエントリーコール（エメラルド版）が確認できる優れもの「ポケナビ」を入手できます。

外に出るとエントリーコールを追加してくれます。

カナズミシティを出ようとするとライバルが現れ、ポケナビの機能や次の目的地について教えてくれます。

勝負を挑まれますが、「いいえ」を選ぶと回避できます。

断っても、もう一度話すとバトルできます。

ライバルの手持ちは、最初に選んだポケモンによって変わります（ライバルがユウキでもハルカでも、ポケモンは同じです）。

104番どうろの南西にある小屋へ向かうと、助け出したピーコちゃんと戯れるハギ老人がいます。話しかけると、お礼としてムロタウンまで船を出してくれます。

船に乗って南の海を渡ると、小さな島町「ムロタウン」に到着します。

ムロタウンは、南の海に浮かぶ小さな孤島です。格闘タイプのジムや「いしのどうくつ」があります。

ポケモンジムのすぐ近くにいる釣り人に話しかけると、「ボロのつりざお」をもらえます。

ポケモンセンターの右側の家で「シルクのスカーフ」がもらえます。

ムロタウンの北西にある「いしのどうくつ」へ向かいます。入口近くにいる男からひでんマシン05「フラッシュ」をもらえるので、忘れずに受け取っておきましょう。

洞窟の最深部に進むと、珍しい石を探している青年「ダイゴ」と出会います。ツワブキ社長からの「ダイゴへのてがみ」を渡すと、お礼としてわざマシン47（はがねのつばさ）をもらえます。

ハギ老人にお願いしてカイナシティへ向かいます。

次の章は、カイナシティの海の科学博物館で、クスノキかんちょうを助けるところから始まります。